면역침강 기술의 장점은 관심있는 항원을 분리하여 더 측정하도록 해주는 것이다. 주어진 세포 또는 조직형 내 특정항원의 존재를 민감하게 측정할 수도 있다 세포 또는 조직을 분해하여 만든 추출물을 침강시킬 항원-항체 복합체를 형성하기 위하여 관심있는 항원에대한 항체를 혼합한다. 그러나 만약 항원 농도가 낮다면(주로 세포와 조직 추출물의 경우에), 항원=항체 복합체가 침전물 로 모이는데는 몇 시간, 심지어는 며칠이 소요될 수도 있으며, 형성된 소량의 면역 침전물을 분리하는것이 어렵다. 이러한 한ㄲ께를 피하는 몇가지 방법이 있다. 그 중 한 방법은 원심분리기에 의해 항원-항체를 부착시키는 것이다. 또 다른 방법은, 1차 항체에대해 특이적인 2차 항체를 첨가하여 항원-항체 복합체를 결합시키는 것이다. 만약 2차 항체가 비드에 부착된다면, 그 면역 복합체는 원심 분리에 의해 모아질 수 있다. 이 과정의 특히 독창적인 변형은 2차 항체와 자기 버드의 결합을 포함한다. 2차 항체가 1차 항체에 결합한 뒤, 튜브의 측면에 자석을 갖다 대면 침강이 모인다.
생합성 방사능 동위원소 표지와 항체 결합에서 쓰일 때, 면역침강은 또한 특정 항원이 실제로 세포나 조직에 의해 합성되는 지 여부를 결정하는데 이용될 수도 있다. 하나 혹은 그 이상의 방사능 표지 아미노산을 함유하는 세포 배양기에서 세포를 성장시킴으로써 관심있는 세포로부터 합성된 단백질을 방사능으로 표지할 수 있다. 일반적으로, 이러한 용도로 사용되는 아미노산은 류신, 시스테인 혹은 메티오닌과 같이 대사에 의한 수식에 가장 저항성이 높은 것들이다. 방사능 배지에서 배양한 후, 세포들을 용해시키고 여기에다 관심있는 항원에 대해 특이적인 1차항체를 가하여 처리한다. 항원-항체 복합체는 면역침강으로 회수하고, 단백질 내로 병합되지 못한 방사능-표지 아미노산과 다른 불순물들이 제거되도록 세척한 다음 분석한다. 그 복합체는, 합성된 단백질의 양을 정량적으로 분석하기 위하여 섬광계수기(scintillation counter)를 사용하여 계수한다.
항원-항체 복합체를 좀 더 분석하기 위해서는 때때로 항원-항체 복합체를 통상 SDS와 열을 처리하는 방법으로 와해시키는데, 따라서 면역침강된 항원 단백질의 존재유무는 그 관심있는 항원의 에상 분자량을 조사함으로써 확인 할 수 있다. 이는 와해된 항원-항체 복합체를 SDS-PAGe로 분리한 다음, 겔 상에서 방사능-표지 항원의 위치를 결정하기 위한 방사선 자동사진법(autoradiography)를 수행함으로서 확인할 수 있다.
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